L’alimentation des poissons d’élevage est strictement encadrée et fait l’objet de nombreuses avancées. Ainsi, cette alimentation, qui incorpore des farines et des huiles de poisson pour les espèces omnivores à dominante carnivore, permet de valoriser des espèces non consommées par l’homme et dont les pêcheries sont gérées par quota dans le but de ne pas appauvrir la ressource. D’autre part, les poissons d’élevage sont d’excellents transformateurs de ces farines de poissons dont le rendement est ainsi optimisé. Néanmoins et dans le souci d’assurer la durabilité de l’élevage des poissons, plusieurs programmes de recherche sont en cours (INRA, IFREMER, Université) pour remplacer partiellement ces farines et ces huiles de poisson par des matières premières végétales tout en maintenant les qualités nutritionnelles et organoleptiques des poissons d’aquaculture. Ces recherches ont déjà permis d'obtenir des résultats exploitables, à la fois dans la substitution des farines et dans celle des huiles de poisson.

Les farines de poissons sont produites par séchage et broyage de différents poissons pêchés. Il s’agit d’espèces très abondantes dans le milieu naturel et de moindre valeur commerciale du fait de leur goût ou de leur taille (hareng, anchois, sprat). Certains poissons sont pêchés exclusivement pour l’alimentation animale, pour l’essentiel en mer du Nord et en Amérique du Sud et leur stock est géré par un système de quota. Pour faire un kilo de poissons d’élevage, il faut pêcher environ 5 kg de poissons issus des pêches sous quota.
Mais la recherche se poursuit notamment pour intégrer davantage d’huiles végétales dans les prochaines années simplement parce que les ressources d’huiles de poissons sont à terme, limitées. Enfin, aussi et surtout, les chercheurs mènent des études pour fournir aux poissons des aliments les plus digestibles possibles afin de limiter les rejets qui retournent à la rivière.

L’environnement et la qualité de l’eau sont au cœur des préoccupations des professionnels piscicoles français. Ils désirent élever leur poisson, dans le respect de l’environnement, du bien être des animaux et du respect de l’homme.
Utilisateur de l’eau parmi d’autres, le pisciculteur se doit de restituer l’eau dans de bonnes conditions de propreté d’où l’importance des recherches menées autour de l'alimentation des poissons. L’alimentation extrudée, couramment employée aujourd’hui, est particulièrement efficace. Elle permet, en effet, un meilleur rationnement entre la qualité des aliments et les besoins en poissons. De plus, elle réduit fortement les pertes lors de la distribution des repas limitant ainsi les déchets alimentaires.
Mais les observations et les mesures que le pisciculteur réalise permettent également d’assurer une mission d’observation et d’alerte sur l’état de l’écosystème aquatique. En veillant au débit minimal des cours d’eau qui alimentent leurs élevages, ils permettent de maintenir un flux hydraulique suffisant pour préserver la faune et la flore aquatique. Pour mesurer la moindre pollution, la truite qui a besoin pour s’épanouir d’eaux vives et fraîches, pures et riches en oxygène est un très bon détecteur pour les professionnels de la pisciculture.

La triploïdie est utilisée chez la truite pour améliorer la qualité gustative des grandes truites en évitant la maturation sexuelle. Plus récente chez les poissons que chez les végétaux, cette technique reproduit un phénomène observé dans la nature, en utilisant un processus physique reproduisant soit un choc de température, soit un choc de pressions sur les œufs, permettant de garder le 3ème jeu de chromosomes naturellement présent dans l’œuf. La triploïdie induit uniquement une stérilité des poissons afin d’éviter la maturation sexuelle. C’est en quelque sorte un procédé qui s’apparente à la castration comme on l’utilise chez les bovins, les porcs et les volailles, notamment car la maturité sexuelle des truites s’accompagne d’une altération de la qualité de la chair. Pour éviter cela, les pisciculteurs utilisent la triploïdie. Cette technique ne modifie en rien les caractéristiques du poisson, elle n’induit donc aucun risque particulier pour le consommateur.

La situation est extrêmement simple dans la mesure où l’élevage de poissons transgéniques n’est pas autorisé, ni en cours d’autorisation en France ou dans l’Union européenne. Il n’y a donc pas de production de poissons transgéniques dans l’Union Européenne. De plus, la mise sur le marché et donc l’importation de poissons transgéniques étant également interdite au niveau européen, ceci implique qu’il n’y a pas, dans l’Union européenne, de poissons transgéniques destinés à la consommation.

Les dioxines sont des produits chimiques qui se forment au cours de phénomènes naturels ou de certaines activités industrielles. En France et en Europe, les émissions de dioxines ont fortement chuté depuis 10 ans. Les teneurs en dioxine des aliments sont très variables, mais leur comparaison n’a pas de sens. Il faut prendre en compte les quantités consommées. En France, les principales sources alimentaires de dioxines sont les produits laitiers, suivis de la viande. Les produits de la mer (poissons, crustacés, coquillages) arrivent ensuite. Les poissons, qu’ils soient sauvages ou d’élevage ne sont ni la seule ni la plus importante source de dioxines dans l’alimentation des Français. La profession se mobilise, depuis de nombreuses années, pour contrôler et diminuer les taux de dioxines dans les poissons d’élevage qui restent très largement inférieurs aux limites maximales autorisées. La filière aquacole reste très vigilante sur les matières premières utilisées dans l’alimentation.